本发明的目的是提供一种抗凝血酶III蛋白突变体,所提供的抗凝血酶III与已报道的人抗凝血酶III存在3个氨基酸位点的不同,从而导致该抗凝血酶III和肝素的结合效率大幅度提高,便于亲和层析方法对该蛋白的纯化本发明的新型抗凝血酶III,其氨基酸序列为SEQ ID NO:1,编码该抗凝血酶III的基因的核苷酸序列为SEQ ID NO:2。本发明获得的重组人抗凝血酶III与对照组相比,耐温、耐pH值及酶的特异比活均无明显差别,但是肝素亲和层析纯化该蛋白时,其纯化效率提高20%以上,更利于抗凝血酶III的广泛应用。