本发明涉及植物基因工程与分子生物学技术领域,具体涉及一种快速鉴定真梅/杏梅品系的分子检测方法。本发明提供梅花PmEIL蛋白,其序列如SEQ ID NO.1所示。PmEIL蛋白参与梅花响应季节性气候变化,在真梅和杏梅品系中受温度、日照等季节性气候变化的调控方式存在明显差异,可用于鉴定真梅/杏梅品系,实现在梅花的幼苗期快速、准确地鉴定梅花品系,缩短了育种周期,极大地减少了育种工作量本发明还提供与PmEIL基因相关且与梅花茎色相关的SNP分子标记,为梅花茎色性状的鉴定和真梅/杏梅品系的鉴定提供了基础和分子工具。