[发明专利]一种基因比对指令集的转换方法及装置

摘要

本发明提供一种基因比对指令集的转换方法及装置，该方法为：获取适用于计算机的第一基因比对指令集；确定第一基因比对指令集中所包括的指令集；根据预设的指令转换数据库，将第一基因比对指令集中的指令转换为用于加速执行基因比对算法的第二指令，利用第二指令构成第二基因比对指令集，将第二基因比对指令集下发至多核ARM芯片，使多核ARM芯片基于第二基因比对指令集加速运行基因比对算法。本方案中，利用预设的指令转换数据库，将适用于计算机中的第一基因比对指令集转换为第二基因比对指令集，将第二基因比对指令集下发至多核ARM芯片中。利用多核ARM芯片完成基因比对，提高基因比对的速度、便利度和降低能耗。

主权项

1.一种基因比对指令集的转换方法，其特征在于，所述方法包括：获取第一基因比对指令集，所述第一基因比对指令集适用于计算机；确定所述第一基因比对指令集中所包括的指令集，所述第一基因比对指令集中至少包括第一处理优先级的指令集和第二处理优先级的指令集中的一种指令集，所述第一处理优先级的指令集至少包括SSE指令集和AVX指令集中的一种指令集，所述第二处理优先级的指令集至少包括包含浮点计算程序和矩阵计算程序的待转换指令集，所述SSE指令集和AVX指令集的处理优先级高于所述待转换指令集的处理优先级；若所述第一基因比对指令集中包括所述第一处理优先级的指令集和所述第二处理优先级的指令集，或者仅包括所述第一处理优先级的指令集时，确定预设指令转换数据库中与所述第一处理优先级的指令集中每一第一指令对应的第二指令，并基于查找到所述第二指令，将对应的所述第一指令转换成用于加速执行基因比对算法的第二指令，所述指令转换数据库中预先存储有可转换为所述第一指令的第二指令，所述第二指令适用于多核ARM芯片；利用所述第二指令构成第二基因比对指令集；若所述第一基因比对指令集中仅包括所述第二处理优先级的指令集时，计算所述第二处理优先级的指令集的第一运算量，以及所述第一基因比对指令集中的第一指令转换为所述第二指令后的第二运算量，并比较所述第一运算量和所述第二运算量的大小；若所述第二运算量大于所述第一运算量，利用所述第二指令构成第二基因比对指令集；将所述第二基因比对指令集下发至多核ARM芯片，使所述多核ARM芯片基于所述第二基因比对指令集加速运行基因比对算法。