[发明专利]一种植物基因组差异甲基化区域的检测方法

摘要

本发明提供了植物基因组差异甲基化区域的检测方法，属于基因组学和生物信息学技术领域。通过植物全基因组甲基化测序分别获得处理组和对照组全基因组上单位点甲基化数据；分别读取处理组和对照组全基因组上单位点甲基化信息，分区段储存；采用以200bp为一个窗口，以50bp为步长滑动窗口扫描存储的全基因组每一区段的甲基化信息，将扫描得到的甲基化信息分区段储存到python字典中；对存储在python字典中的全基因组每一区段的甲基化信息进行筛选，根据得到的有效全基因组上单位点甲基化信息统计每个窗口中各区段的甲基化信息。本发明利用python字典把整个染色体以50bp为区段储存，方便后续的运算，节省了大量时间。

主权项

1.一种植物基因组差异甲基化区域的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：1)通过植物全基因组甲基化测序获得处理组全基因组上单位点甲基化数据和对照组全基因组上单位点甲基化数据；2)分别读取处理组全基因组上单位点甲基化信息和对照组全基因组上单位点甲基化信息，将读取的两组全基因组上单位点甲基化信息分区段储存，得到全基因组每一区段的甲基化信息；3)以200bp为一个窗口，以50bp为步长滑动窗口扫描所述全基因组每一区段的甲基化信息，将扫描得到的全基因组每一区段的甲基化信息分区段储存到python字典中；4)对步骤3)中存储在python字典中的全基因组每一区段的甲基化信息进行预筛选、Fisher检验、FDR校正和再筛选，得到有效全基因组上单位点甲基化信息；5)根据所述有效全基因组上单位点甲基化信息，统计每个窗口中各区段的甲基化信息。