[发明专利]确定肠道细菌亚种的方法及设备在审
| 申请号： | 201811249167.6 | 申请日： | 2018-10-25 |
| 公开（公告）号： | CN109360603A | 公开（公告）日： | 2019-02-19 |
| 发明（设计）人： | 宁康;谭重阳;杨鹏硕;韩毛振 | 申请（专利权）人： | 华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学 |
| 主分类号： | G16B20/20 | 分类号： | G16B20/20 |
| 代理公司： | 武汉智嘉联合知识产权代理事务所(普通合伙) 42231 | 代理人： | 黄君军 |
| 地址： | 436044 湖北*** | 国省代码： | 湖北;42 |
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| 摘要： | 本发明实施例提供了一种确定肠道细菌亚种的方法及设备。其中，所述方法包括：分析肠道细菌物种的每个样本，获取基因测序深度大于测序深度阈值的细菌物种，将选出的细菌物种的基因序列与PhyloPhlAn标记基因进行比对，实现肠道细菌物种样本的基因序列比对到相应的细菌物种；将基因序列比对后的肠道细菌物种样本进行SNP调用，得到调用SNP的肠道细菌物种样本，根据SNP出现的频率采用k中心点算法，将所述调用SNP的肠道细菌物种样本以细菌物种的形式进行聚类，根据每个聚类的中心点，获取调用SNP的肠道细菌物种样本的候选肠道细菌亚种集，最终确定肠道细菌亚种的集合。本发明实施例提供的确定肠道细菌亚种的方法及设备，可以精确确定肠道细菌亚种的构成及种类。 | ||
| 搜索关键词： | 肠道细菌 亚种 样本 物种 细菌物种 调用 基因序列 比对 中心点 聚类 标记基因 基因测序 测序 算法 集合 分析 | ||
【主权项】：
1.一种确定肠道细菌亚种的方法，其特征在于，包括：分析肠道细菌物种的每个样本，获取基因测序深度大于测序深度阈值的细菌物种，将选出的细菌物种的基因序列与PhyloPhlAn标记基因进行比对，实现肠道细菌物种样本的基因序列比对到相应的细菌物种；将基因序列比对后的肠道细菌物种样本进行SNP调用，得到调用SNP的肠道细菌物种样本，根据SNP出现的频率采用k中心点算法计算欧氏距离，将所述调用SNP的肠道细菌物种样本以细菌物种的形式进行聚类，根据每个聚类的中心点，获取所述调用SNP的肠道细菌物种样本的候选肠道细菌亚种集，评估所述候选肠道细菌亚种集的拟合优良性，最终确定肠道细菌亚种的集合。
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