[发明专利]一种利用景观基因组学评估物种适应潜力的方法及应用

摘要

本发明属于对景观基因组技术领域，具体涉及一种利用景观基因组学评估物种适应潜力的方法，包括以下步骤：样品采集；提取S1中样品的DNA，对所有样品个体进行基因分型检测，得到基因分型检测的原始数据；获得最能代表主要群体结构的K的最佳值、异常位点检测，获得基因异常位点的数据矩阵、适应性基因位点检测，获得适应性基因位点数据矩阵。根据适应性基因位点和非适应性基因位点数据建立合适的景观适应指数来衡量物种的适应潜力，该指数对园林植物栽培中的引种驯化具有重要的参考价值。

主权项

1.一种利用景观基因组学评估物种适应潜力的方法，其特征在于，包括以下步骤：S1，确定待研究的区域范围，并在该区域范围内采集样品；S2，基因分型提取S1中样品的DNA，对所有样品个体进行基因分型检测，得到基因分型检测的原始数据；基因分型检测步骤如下：用荧光标记的通用引物扩增样品的DNA，将扩增产物放在基因测序仪上进行基因分型检测；S3，数据分析读取基因分型检测的原始数据，如果有荧光峰的打分为1，如果没有荧光峰则打分为0，根据荧光峰的有无将基因分型检测结果转为1/0矩阵，然后以所得到的1/0矩阵为基础进行以下群体遗传分析：(1)通过基于贝叶斯的程序STRUCTURE 2.3.4对物种的种群遗传结构进行分析，获得最能代表主要群体结构的K的最佳值；(2)异常位点检测，获得基因异常位点的数据矩阵；(3)将(2)检测到的基因异常位点与环境作关联分析，进行适应性基因位点检测，获得适应性基因位点数据矩阵；(4)将(3)得到的适应性基因位点数据矩阵根据软件的格式要求导入到ARLEQUIN3.5软件中，分析得到基于环境相关基因位点计算的基因分化值FST(E)；从所述1/0矩阵中删除(3)得到的适应性基因位点数据矩阵后，剩余数据矩阵为非适应基因位点数据矩阵，将非适应基因位点数据矩阵根据软件的格式要求导入到ARLEQUIN3.5软件分析得到基于非环境相关基因位点计算的基因分化值FST(NE)；(5)景观适应指数LAI的建立我们构建出式①所述的模型：式①中，F_ST(E)为基于环境相关基因位点计算的基因分化值，Nm是种群间的基因流，Nm值根据计算，F_ST(NE)是基于非环境相关基因位点计算的基因分化值；S4，通过景观适应指数LAI评估物种的适应潜力：LAI值越大说明该物种的适应潜力越大。