[发明专利]一种全基因组sgRNA文库的构建系统及其应用

摘要

本发明提供了一种全基因组sgRNA文库的构建系统及其应用，所述系统包括输入模块、sgRNA设计模块和sgRNA过滤模块，通过构建系统的三大模块，优化模块内细节及流程，采用多种设计标准及筛选原则，最终构建得到全基因组sgRNA文库，所述系统及方法简洁高效，得到的文库质量高，活性好，便于应用在基因编辑研究中。

主权项

1.一种全基因组sgRNA文库的构建系统，其特征在于，所述系统包括如下模块：(1)输入模块：从数据库中下载基因组序列和注释文件，提取CDS序列作为输入靶序列；(2)sgRNA设计模块：在靶序列的正义链和反义链上根据参数设定选择候选sgRNA，并根据指定的允许错配数进行全基因组序列比对，根据脱靶位点和数量进行脱靶率评估并分级；其中，在正义链上选择20nt+NGG作为候选sgRNA，在反义链上选择GGN+20nt作为候选sgRNA；(3)sgRNA过滤模块：将评估并分级后的sgRNA根据以下标准进行筛选：去掉包含4个及以上连续碱基的sgRNA，确保sgRNA之间没有重叠，确保sgRNA在CDS上尽量均匀分布。