[发明专利]一种高度相似微生物的鉴定和分类方法

摘要

本发明公开了一种高度相似微生物的鉴定和分类方法，其包括：(1)使用eggNOG数据库对微生物基因组编码的蛋白序列进行比对，赋予每个微生物基因组一个eggNOG基因ID，生成一个基于eggNOG数据库的微生物基因谱；(2)计算基因谱中不同待测微生物之间的基因内容非相似性，得到一个非相似性矩阵；(3)对矩阵进行聚类分析，将基因内容类似的微生物聚为一簇，判定为同一类微生物，完成微生物的鉴定和分类。本发明方法针对高度相似微生物，创造性地提出微生物水平差异主要驱动因子为基因的获得与丢失，而非传统手段常考虑的核酸位点突变。本发明对高度相似微生物的鉴定和分类有极高的准确性，具有良好的应用前景。

主权项

1.一种高度相似微生物的鉴定和分类方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)使用eggNOG数据库对微生物基因组编码的蛋白序列进行比对，赋予每个微生物基因组一个eggNOG基因ID，生成一个基于eggNOG数据库的微生物基因谱；(2)计算基因谱中不同待测微生物之间的基因内容非相似性，得到一个非相似性矩阵；(3)对矩阵进行聚类分析，将基因内容类似的微生物聚为一簇，判定为同一类微生物，完成微生物的鉴定和分类；其中，步骤(1)中，所述基因谱的构建步骤如下：(a)提取微生物基因组中所有基因编码的蛋白序列；(b)将蛋白序列与eggNOG数据库进行类BLAST比对，使用参数为E值1e‑5，全局序列相似性30％；(c)将比对结果中最好的eggNOG基因ID赋予目标基因，最后生成一张每行代表不同eggNOG基因，每纵列代表不同微生物的表。