[发明专利]肠道及口腔菌群多样性及差异性的分析方法有效
| 申请号： | 201710019639.8 | 申请日： | 2017-01-12 |
| 公开（公告）号： | CN107058490B | 公开（公告）日： | 2018-03-06 |
| 发明（设计）人： | 张磊;杨俊杰;孟晓飞 | 申请（专利权）人： | 杨俊杰 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869;C12Q1/04 |
| 代理公司： | 北京瑞思知识产权代理事务所(普通合伙)11341 | 代理人： | 李涛 |
| 地址： | 250014 山东省济南市*** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种基于新一代高通量测序技术的肠道及口腔菌群多样性及差异性的分析方法。该方法包括如下步骤1)收集待测样本并进行微生物基因组DNA提取，得到基因组DNA提取液；2)对基因组DNA提取液进行检测确定样本中微生物基因组DNA的浓度和纯度；3)利用16SrDNA特异的V3‑V4区引物对基因组DNA提取液进行PCR扩增，进行文库构建，4)利用IlluminaMiSeq测序系统进行测序；5)利用FLASH，QIIME，usearch61进行生物信息学分析。与传统菌群检测方法相比，应用新一代高通量技术能够更详细、更深层地解析菌群的组成与功能。 | ||
| 搜索关键词： | 肠道 口腔 多样性 差异性 分析 方法 | ||
【主权项】：
一种用于研究孤独症病因的基因组文库构建方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：（1）收集待测样本并进行微生物基因组DNA提取，得到基因组DNA提取液，所述待测样本的样本类型是粪便和口腔拭子，该样品由新鲜取样，冻存于‑80℃；（2）对基因组DNA提取液进行检测确定样本中微生物基因组DNA的浓度和纯度；（3）利用16SrDNA特异的V3‑V4区引物对基因组DNA提取液进行PCR扩增，进行文库构建；（4）利用IlluminaMiSeq测序系统进行测序；（5）利用FLASH，QIIME，usearch61进行生物信息学分析；所述步骤(3)中的引物对是能够特异性扩增所有需要检验的微生物来源的引物对；所述引物对的上游引物为：5’‑AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTATGGTAATTGTCCTACGGGAGGCAGCAG‑3’；下游引物为：5’‑CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNNNNAGTCAGTCAGCCGGACTACHVGGGTWTCTAAT‑3’。
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