[发明专利]利用HTP基因组工程平台对微生物菌株的改良

摘要

本发明提供一种用计算机驱动且整合分子生物学、自动化和先进机器学习方案的HTP微生物基因组工程平台。所述整合平台使用一套HTP分子工具集创建HTP基因设计文库，所述基因设计文库尤其利用科学见解和迭代模式识别得到。本文所述的HTP基因组工程平台是微生物菌株宿主不可知的且因此能够跨越分类群建构。另外，所揭示的平台能够建构成调节或改良所关注的任何微生物宿主参数。

主权项

1.一种使微生物进化以获得所期望表型的高通量HTP基因组工程改造方法，包含：a.扰动多种具有相同微生物菌株背景的初始微生物的基因组，借此创建包含具有独特基因变异的个别微生物菌株的初始HTP基因设计微生物菌株文库；b.根据所述所期望表型来筛选和选择所述初始HTP基因设计微生物菌株文库中的个别微生物菌株；c.提供各自包含基因变异的独特组合的后续多种微生物，所述基因变异选自存在于所述前一步骤中筛选的至少两种个别微生物菌株中的基因变异，借此创建后续HTP基因设计微生物菌株文库；d.根据所述所期望表型来筛选和选择所述后续HTP基因设计微生物菌株文库中的个别微生物菌株；以及e.按照线性或非线性方式将步骤c)-d)重复一或多次，直到微生物已经获得所述所期望表型为止，其中每次后续迭代创建新的HTP基因设计微生物菌株文库，所述新的HTP基因设计微生物菌株文库包含具有独特基因变异的个别微生物菌株，所述独特基因变异是选自前一HTP基因设计微生物菌株文库中的至少两种个别微生物菌株的基因变异的组合。