[发明专利]一种miRNA调控蛋白质相互作用网络的miRNA靶蛋白预测方法

摘要

本发明公开了一种miRNA调控蛋白质相互作用网络的miRNA靶蛋白预测方法，包括如下步骤首先构建三个子网络基于HIPPIE的人类蛋白质‑蛋白质相互作用网络、基于mirTARbase的miRNA‑靶蛋白网络和基于靶蛋白重叠构造的miRNA‑miRNA网络；然后根据蛋白质的获得号和miRNA分子在miRbase数据库中的ID号，合并三个子网络，构建融合的miRNA‑靶蛋白关联关系网络；最后基于牵连犯罪原则，表征miRNA‑靶蛋白的关联特征，使用随机森林构建分类预测模型，预测潜在miRNA与靶蛋白相互作用关联关系。本发明方法能更好地研究miRNA调控靶蛋白的多对多关系，具有较好的应用价值。

主权项

一种miRNA调控蛋白质相互作用网络的miRNA靶蛋白预测方法，其特征在于，包括如下步骤：S1.分别构建以下三个子网络：基于HIPPIE的人类蛋白质‑蛋白质相互作用网络、基于mirTARbase的miRNA‑靶蛋白网络和基于靶蛋白重叠构造的miRNA‑miRNA网络；S2.构建融合的miRNA‑靶蛋白关联关系网络：根据蛋白质的获得号和miRNA分子在miRbase数据库中的ID号，合并三个子网络，构建融合的miRNA‑靶蛋白关联关系网络，包含163739条边和14265个节点；其中，153749条边表示蛋白质‑蛋白质相互作用，4634条边表示miRNA‑miRNA关系，5356条边表示miRNA‑靶蛋白相互作用；在所有的节点中，14086个是蛋白质，179个是miRNA；S3.表征miRNA‑靶蛋白的关联特征，预测潜在miRNA与靶蛋白相互作用关联关系S31.基于牵连犯罪原则，计算miRNA与人类蛋白的网络拓扑特征采用公式(1)计算miRNA(r)的网络拓扑结构特征、采用公式(2)计算靶蛋白p的网络拓扑结构特征、通过公式(3)得到一个1960维的网络拓扑特征向量来描述miRNA和其靶蛋白的关联关系：RNTFr=1NΣj=1NRr(i)×Er,j×Rj(i),(i=1,2,......,193)---(1)]]>PNTFp=1NΣj=1NPp(i)×Ep,j×Pj(i),(i=1,2,......,1767)---(2)]]>RPNTFr,p=RNTFr⊕PNTFp---(3);]]>S32.使用随机森林构建分类预测模型，预测潜在的miRNA与人类蛋白的相互作用关系。