[发明专利]一种识别猕猴桃杂交亲本对子代基因组贡献比例的方法

摘要

本发明公开一种识别猕猴桃杂交亲本对子代基因组贡献比例的方法。它包括：对杂交双亲和子代及远缘外类群进行基因组低深度测序；测序数据的参考基因组比对和单碱基变异信息获取；基于单碱基变异的基因组窗口划分和对数可能性估计；分窗口最大可能基因树构建和置信区间估计；杂交双亲在基因树水平与子代遗传关系统计及基因组贡献比例预测。本发明利用整基因组变异信息解析杂交亲本与杂交子代的进化遗传关系，使得对杂交子代特征性状的预测具有较高的准确性；同时使用该方法可以在杂交子代形成的童期对其可能存在的表型特征变异的幅度和方向进行预测，可以极大的促进杂交株系的早期筛选，节省人力物力成本，并大大提高资源发掘利用效率。

主权项

1.一种识别猕猴桃杂交亲本对子代基因组贡献比例的方法，其特征在于，包括以下步骤：A、对猕猴桃杂交双亲样本和子代样本及远缘猕猴桃外类群样本进行基因组5倍深度测序，获得各样本的基因组；B、测序数据的参考基因组比对和单碱基变异信息获取：将各样本的基因组比对到中华猕猴桃参考基因组，对基因组比对序列进行基因型构建和变异信息发掘，同时对所获得的单碱基变异参照宽泛研究所(Broad Institutions)的建议过滤标准对所获得的单碱基变异进行严格过滤，去掉不可靠的变异信息位点，包括去掉QUAL值小于40或者DP值大于3300的变异位点，去掉低频突变<0.01的位点以及5bp范围内的连续变异位点；C、基于单碱基变异的基因组窗口划分和对数可能性估计：基于步骤B获得的变异信息，对各样本基因组进行非重叠的窗口划分，所有4个样本间的窗口划分起始点保持一致，对所划分的窗口进行进一步的过滤，包括去掉参考基因组上拥有连续N的窗口，去掉变异质量值低于20的窗口，去掉具有大量插入缺失变异位点的窗口；对所有窗口的变异位点对数可能性进行计算；D、分窗口最大可能基因树构建和置信区间估计：将所有获得的变异位点对数可能性值输入到Consel工具包的makermt模块进行标准化分析生成基因树，得到的结果再进一步输入到该工具包的consel模块进行大约无偏AU检测，通过该检测的P值判断窗口最大可能支持的样本亲缘关系种类，对于所有窗口形成的基因树进行95％的置信区间估计；E、杂交双亲在基因树水平与子代遗传关系统计及基因组贡献比例预测：统计整个基因组范围内全部窗口的样本亲缘关系的支持比例及其置信区间，据此判断猕猴桃杂交亲本对子代基因组的贡献比例。