[发明专利]一种四倍体马铃薯高通量测序开发标记的方法及其应用

摘要

本发明公开了一种四倍体马铃薯高通量测序开发标记的方法及其应用。本发明的四倍体马铃薯高通量测序开发标记的方法大幅降低马铃薯基因组复杂度，操作简便，可快速鉴定出高密度的SNP位点，获得控制目标性状的染色体标签差异遗传区间，最后基于差异遗传区段可开发分子标记。本发明的方法成功的实现了2b‑RAD测序技术在马铃薯四倍体材料标记开发中的应用，不仅解决了马铃薯四倍体材料标记开发困难的问题，并且极大缩短了与性状紧密连锁标记的开发周期。此外，本发明的方法也为其它多倍体复杂基因组生物的遗传区段挖掘、标记开发和基因组研究提供参考。

主权项

1.一种多倍体作物分子标记的开发方法，包括如下步骤：1）对多倍体作物子代进行性状调查，选取呈现某一目标性状的子代作为子代甲，选取呈现与所述某一目标性状相反的子代作为子代乙；所述多倍体作物子代为多倍体作物亲本甲和多倍体作物亲本乙的杂交子代；所述多倍体作物亲本甲呈现所述目标性状；所述多倍体作物亲本乙呈现与所述目标形状相反的性状；2）分别提取所述多倍体作物亲本甲、所述多倍体作物亲本乙、所述子代甲和所述子代乙的基因组DNA，分别得到多倍体作物亲本甲的基因组DNA、多倍体作物亲本乙的基因组DNA、子代甲DNA混池和子代乙DNA混池；3）分别对所述多倍体作物亲本甲的基因组DNA、所述多倍体作物亲本乙的基因组DNA、所述子代甲DNA混池和所述子代乙DNA混池进行高通量简化基因组测序，分别得到多倍体作物亲本甲的染色体标签密度分布图、多倍体作物亲本乙的染色体标签密度分布图、子代甲DNA混池的染色体标签密度分布图和子代乙DNA混池的染色体标签密度分布图；4）比对上述子代甲DNA混池的染色体标签密度分布图和子代乙DNA混池的染色体标签密度分布图2个图；选取在子代甲DNA混池的染色体标签密度分布图中特异存在而在子代乙DNA混池的染色体标签密度分布图中没有的染色体区段，作为子代甲染色体特异标签密度分布图；选取在子代乙DNA混池的染色体标签密度分布图中特异存在而在子代甲DNA混池的染色体标签密度分布图中没有的染色体区段，作为子代乙染色体特异标签密度分布图；5）比对所述子代甲染色体特异标签密度分布图和所述子代乙染色体特异标签密度分布图，选择差异染色体区段即为目的标签密度差异染色体区段；6）根据所述目的标签密度差异染色体区段设计合成引物，开发分子标记；所述高通量简化基因组测序为2b‑RAD测序；所述2b‑RAD测序中使用的限制性内切酶为IIB型限制性内切酶；所述IIB型限制性内切酶具体为BsaXI；所述多倍体作物为四倍体马铃薯；所述子代为F1代；所述目标性状为马铃薯早熟性状，与其相反的性状为马铃薯晚熟性状；所述早熟性状为生育期小于75天；所述晚熟性状为生育期大于110天；所述分子标记是与所述目标性状相关的分子标记；所述多倍体作物亲本甲为中薯3号；所述多倍体作物亲本乙为中薯19号。