[发明专利]一种问号赖型钩端螺旋体复制基因挑选方法

摘要

本发明公开了一种问号赖型钩端螺旋体复制基因挑选方法，包括以下步骤：1)获得问号赖型钩端螺旋体；2)挑选复制基因及进化距离信息提取。本发明也可推广到其他基因、基因组的提取及分析。

主权项

1.一种问号赖型钩端螺旋体复制基因挑选方法，其特征在于，包括以下步骤： 1)获得问号赖型钩端螺旋体 问号赖型钩端螺旋体在NCBI下载，包括其各段基因信息； 2)挑选复制基因 通过Blast软件进行比对挑出复制基因，首先，我们筛除了可能的没有功能的序列，然后，用blast对比所有的问号赖型钩端螺旋体复制基因，选取对比分数在10^-8以下的，通过BLAST软件基于二参数模型，MATLAB，VC++软件进行挑选、比对，选择复制基因，再用Kestim61软件分别计算出每对复制基因的每个同义位点和非同义替代位点的替代数目，总共获得519对复制基因； 3)进化距离信息提取 基于二参数模型，用Kestim61软件分别计算每对复制基因的每个同义位点和每个非同义位点的替代数目，设分歧时间为T，α代表每单位时间单位位点的转换替代率，β代表每单位时间单位位点的颠换替代率，P指同源位点转换替代率，Q指同源位点颠换替代率.采用C++软件对Blast软件的结果进行筛选、精炼和识别，并采用Matlab和origin获得效果图， ΔP(T)/ΔT＝2α-4(α+β)P(T)-2(α-β)Q(T) ΔQ(T)/ΔT＝4β-8βQ(T) P(0)＝Q(0)＝0. 同源位点转换替代计算公式： 同源位点颠换替代计算公式： 进化距离计算公式： 。