[发明专利]一种问号赖型钩端螺旋体复制基因损失率分析方法

摘要

本发明公开了一种问号赖型钩端螺旋体基因损失率分析方法，首先，通过对问号赖型钩端螺旋体进行比对挑出复制基因，再分别计算出每对复制基因的每个同义位点和每个非同义位点的替代数目，最后包括利用性质构造微分方程使用回归分析进行函数拟合，了解了复制基因进化过程中选择约束力的变化情况，并引入以S为分歧时间的概念，推断了复制基因的复制基因损失率。

主权项

一种问号赖型钩端螺旋体复制基因损失率分析方法，其特征在于，包括以下步骤：1)获得问号赖型钩端螺旋体的复制基因问号赖型钩端螺旋体在NCBI下载，通过BLAST、Matlab和VC软件进行比对挑出复制基因，再用Kestim61软件分别计算出每对复制基因的每个同义位点和非同义替代位点的替代数目，总共获得519对复制基因；2)建立微分方程在复制基因的每个同义位点的替代数目为(0，0.25)的范围进行讨论,在这个范围内,每个位点产生重复替代的可能性最小,并且在这个相对短的时间范围内,可以预测在同义位点的进化率近似常数，基因的产生和损失被认为实质上是一个稳定的过程，故基因复制的损失率可以用生存函数来估计；用一个R随着S衰退的简单模型,来观察复制基因随着时间变化的选择约束力的变化情况；其中，R表示复制基因的每个非同义位点的替代数目；dNdS=-λS]]>其中，d为微分符号，λ为损失系数，N0代表在分歧时间0时刻的复制基因的数目，Ns是在分歧时间S时刻观察到的复制基因的数目，Ns简记为N；N(0)＝N03)求解微分方程对微分方程求解，获得微分方程解析解为：Ns＝N0e‑λS4)利用最小二乘法拟合参数，获得初值和损失系数通过最小二乘法拟合，获得λ和N0的数据值，λ为7.77683，N0为38.01778；5)获得损失率和半衰期获得所述损失系数，所述损失系数为：7.78，以分歧时间S为损失系数的测度，得到基因复制的半衰期为0.089倍,当基因复制95％损失时，此时的损失系数的测度S是半衰期时损失系数的测度S的4.32倍。