[发明专利]拷贝数变异的检测和分类

摘要

母体样品中的母体DNA背景对任何试图从样品的母体染色体组中区分胎儿染色体的检测而言都具有敏感性的操作限制。因此，对于依靠胎儿和母体染色体组之间的量化差异和/或实质差异的诊断和常规检测来说，胎儿分数是需要考虑的重要参数。本发明提供了一种用于确定母体样品中的胎儿分数的方法。该方法将胎儿分数作为归一化染色体值或归一化染色体区段值的函数来获得。本发明用于确定胎儿分数的方法可以与其他方法结合，例如与将胎儿分数作为多态性中等位基因不平衡信息的函数来获得的方法相结合，对母体样品中的胎儿染色体或染色体区段的拷贝数变异进行分类。本发明还提供了实施所述方法的设备和试剂盒。

主权项

一种医学分析设备，用于确定包含胎儿和母体核酸的混合物的母体测试样品中的胎儿分数，所述设备包括：(a)一个装置，用于接收来自所述母体测试样品中的所述胎儿和母体核酸多个序列读数；(b)一个装置，用于将所述多个序列读数与一个或多个染色体参考序列进行比对，并且由此提供与这些序列读数相应的多个序列标签；(c)一个装置，用于识别来自一个或多个感兴趣的染色体或感兴趣的染色体区段的那些序列标签的一个数目，这些染色体或染色体区段选自染色体1‑22、X和Y及其区段，并且用于针对所述一个或多个感兴趣的染色体或感兴趣的染色体区段中的每一个，识别来自至少一个归一化染色体序列或归一化染色体区段序列的那些序列标签的一个数目，以确定一个染色体剂量或染色体区段剂量，其中，所述感兴趣的染色体或感兴趣的染色体区段具有拷贝数变异，其中所述拷贝数变异是通过将所述一个或多个感兴趣的染色体或感兴趣的染色体区段中的每一个染色体或染色体区段的所述染色体剂量与针对所述一个或多个感兴趣的染色体或感兴趣的染色体区段中的每一个染色体或染色体区段的一个相应阈值进行比较来确定的；(d)一个装置，用于使用所述感兴趣的染色体的剂量或所述感兴趣的染色体区段的剂量来确定所述胎儿分数；以及(e)一个装置，该装置用于计算归一化的染色体值或归一化的区段值，其中计算该归一化的染色体值将所述染色体剂量与在一组合格样品中的相应染色体剂量的平均值相关联，作为：NCViA=RiA-RiU‾σiU]]>其中NCViA是在所述测试样品中在第i个染色体上的归一化的染色体值，和σiU分别是对于该组合格样品中第i个染色体剂量的估算平均值和标准差，并且RiA是针对测试样品中第i个染色体计算出的染色体剂量，其中所述第i个染色体是所述感兴趣的染色体；其中计算该归一化的区段值将所述染色体区段剂量与在一组合格样品中的相应染色体区段剂量的平均值相关联，作为NSViA=RiA-RiU‾σiU]]>其中NSViA是在所述测试样品中在第i个染色体区段上的归一化的染色体区段值，和σiU分别是对于该组合格样品中第i个染色体区段剂量的估算平均值和标准差，并且RiA是针对测试样品中第i个染色体区段计算出的染色体区段剂量，其中所述第i个染色体区段是所述感兴趣的染色体区段；其中该装置(d)根据以下表达式确定所述胎儿分数：ff＝2×|NCViACViU|其中ff是胎儿分数值，NCViA是在所述测试样品中在第i个染色体上的归一化的染色体值，并且CViU是在所述合格样品中确定的第i个染色体的剂量的变异系数，其中所述第i个染色体是所述感兴趣的染色体；或其中该装置(d)根据以下表达式确定所述胎儿分数；ff＝2×|NSViACViU|其中ff是胎儿分数值，NSViA是在所述测试样品中在第i个染色体区段上的归一化的染色体区段值，并且CViU是在所述合格样品中确定的第i个染色体区段的剂量的变异系数，其中所述第i个染色体区段是所述感兴趣的染色体区段。