[发明专利]利用分子标记鉴定玉米互交种的方法

摘要

本发明涉及一种利用分子标记鉴定玉米互交种的方法，其特征在于：提取玉米待检互交种胚乳、叶片及亲本叶片DNA；根据亲本基因组序列差异发展InDel标记并筛选亲本间共显性标记；分析互交种叶片DNA等位基因扩增产物质量确定鉴定玉米互交种的分子标记；摸索标记的PCR指数扩增期及在琼脂糖凝胶上清晰表现扩增产物的循环数，对互交种胚乳及叶片DNA进行同一批次扩增；定量分析电泳条带获得互交种叶片及胚乳等位基因扩增产物相对量实测值；由互交种叶片等位基因扩增产物相对量实测值获得胚乳等位基因扩增产物相对量理论值；利用卡方测验对待检互交种胚乳等位基因扩增产物相对量实测值与理论值进行统计，计算概率P，对互交种进行判定。

主权项

1.一种利用分子标记鉴定玉米互交种的方法，包括，提取玉米待检互交种DNA，提取的DNA样本测定浓度并用琼脂糖凝胶检测质量；根据待检亲本全基因组序列及基因组二代测序序列存在的差异发展InDel标记，通过PCR扩增，筛选出亲本叶片DNA之间存在共显性差异的InDel标记，其特征在于：a、提取玉米待检互交种胚乳、叶片及其亲本叶片DNA，提取的DNA样本测定浓度并用琼脂糖凝胶检测质量；b、根据待检互交种亲本全基因组序列及基因组二代测序序列存在的差异发展InDel标记，通过PCR扩增，筛选出亲本叶片DNA之间存在共显性差异的InDel标记；c、以互交种叶片DNA为模板进行PCR扩增并对琼脂糖凝胶电泳条带进行图像识别以分析等位基因扩增质量，识别图像曲线圆滑、波峰波谷独立且互交种等位基因识别图像一致的共显性InDel标记被确定为鉴定互交种的分子标记； d、利用确定的共显性InDel标记对待检互交种胚乳及叶片DNA进行同一批次PCR扩增，PCR循环数应为处于指数扩增期且在琼脂糖凝胶上能够清晰表现扩增条带的PCR循环数；e、对等位基因扩增产物的电泳条带进行定量分析，获得待检互交种叶片及胚乳DNA等位基因扩增产物相对量的实测值，并由叶片DNA等位基因扩增产物相对量的实测值获得胚乳DNA等位基因扩增产物相对量的理论值，当X_A^'/X_a^'=2/时获得正交种胚乳等位基因扩增产物相对量的理论值，当X_A^'/X_a^'=0.5/时获得反交种胚乳等位基因扩增产物相对量的理论值，式中：X_A^'/X_a^'分别为正交种或反交种胚乳等位基因扩增产物相对量的理论值；/为同一批次互交种叶片等位基因扩增产物相对量实测值重复间的平均值；f、利用卡方测验对待检互交种胚乳等位基因扩增产物相对量的实测值与其理论值进行统计分析，计算概率P，若实测值与正交种胚乳等位基因扩增产物相对量理论值的统计概率P>0.05且与反交种胚乳等位基因扩增产物相对量理论值的统计概率P≤0.05，则判定为正交种，反之则为反交种。