[发明专利]基于Pathway蛋白质组学的质谱优选肽段自动挑选方法无效
| 申请号： | 201110452448.3 | 申请日： | 2011-12-29 |
| 公开（公告）号： | CN102567653A | 公开（公告）日： | 2012-07-11 |
| 发明（设计）人： | 唐晓英;刘雪琴 | 申请（专利权）人： | 北京理工大学 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 100081 *** | 国省代码： | 北京;11 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明涉及一种基于Pathway蛋白质组学的质谱优选肽段自动挑选方法，包括以下步骤：A.使用目标代谢通路上所有涉及到的蛋白质名称对待研究生物的全蛋白序列进行目标蛋白群的提取；B.对所提取的目标蛋白群进行理论酶切，产生所有目标蛋白的理论酶切肽段；C.计算所有的理论酶切肽段的理论分子量(Mass)、理论保留时间(NET)、等电点(pI)；D.筛选符合条件的理论肽段，得到质谱的优选肽段集合，作为在实际实验的每个segment中设定优选肽段的依据。本发明提供的方法便于计算机实现，可以取代传统的人工手动挑选方式，大大提高蛋白质组实验的效率，并提高发生含量变化的蛋白的检出率，使蛋白质组的研究更加便捷与准确。 | ||
| 搜索关键词： | 基于 pathway 蛋白质 优选 自动 挑选 方法 | ||
【主权项】：
一种基于Pathway蛋白质组学的质谱优选肽段自动挑选方法，包括以下步骤：A.将目标代谢通路上所有涉及到的蛋白质名称作为关键词，对待研究生物的全蛋白序列进行目标蛋白群的提取；B.对所提取的目标蛋白群按照实验所用的蛋白酶进行理论酶切，产生所有目标蛋白的理论酶切肽段；C.计算所有的理论酶切肽段的理论分子量(Mass)、理论保留时间(NET)、等电点(pI)；D.根据实际设定的理论分子量和等电点筛选符合条件的理论肽段，得到质谱的优选肽段集合，即所有实验中需要重点关注的肽段；该肽段集合及每个肽段的理论保留时间作为在实际实验的每个segment中设定优选肽段的依据。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于北京理工大学，未经北京理工大学许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201110452448.3/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 同类专利
- 专利分类
G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
