[发明专利]一种检测基因断裂融合的方法

摘要

一种检测基因断裂融合的方法，目的是快速、有效；本发明将基因的恒定断裂位区域设为Breakpiont区，简称B区；恒定表达区设为Control区，简称C区；两区相对表达量之比称为B/C比值；使用引物设计软件primer5.0在AML1基因的mRNA上的恒定断裂位点B区与恒定表达区C区设计引物及探针；B区引物分别设计在exon5和exon7内；C区在跨exon3和exon4区域设计；采用荧光定量PCR方法检测AML1基因B区与C区扩增产物量，由B/C比值来判断是否发生融合事件；设B/C比值低于0.60作为筛选标准；采用RACE方法结合克隆测序进行新的融合基因断裂位点的鉴定。

主权项

一种检测基因断裂融合的方法，其特征是：(1)基因的恒定断裂位区域设为Breakpiont区，简称B区；恒定表达区设为Control区，简称C区；两区相对表达量之比称为B/C比值；(2)使用引物设计软件primer5.0在AML1基因的mRNA上的恒定断裂位点B区与恒定表达区C区设计引物及探针；AML1断裂融合发生在exon5或exon6之后，故B区引物需分别设计在exon5和exon7内；C区应在断裂区5’侧选择，故在跨exon3和exon4区域设计；B区和C区片段大小接近、退火温度一致，使其可在同一条件下扩增，扩增效率尽可能一致；(3)荧光定量PCR方法检测AML1基因B区与C区扩增产物量，由B/C比值来判断是否发生融合事件；经大样本统计分析，正常对照组B/C比值位于0.7260-1.51之间，因此设B/C比值低于0.60作为筛选标准，即：B/C比值低于0.60视为AML1基因发生了断裂融合；(4)采用RACE(Rapid amplification of cDNA ends)方法结合克隆测序进行新的融合基因断裂位点的鉴定。