本发明公开了一种折叠引物预退火PCR疟原虫分子诊断试剂盒,所述试剂盒由1号试剂、2号试剂、模板缓冲液和阳性对照试剂组成,所述2号试剂预装PCR管5μLX20支,由以下组分组成:Tris‑HCl、NH4SO4、折叠引物3条、4种核苷酸‑4dNTP;所述2号试剂为冻干剂型或液体剂型,所述折叠引物序列如SEQ ID NO.1‑3所示。本发明试剂盒具有超灵敏、高特异、高通量、省时省力特点,操作简便快捷、试验周期短、检测成本低,能够检出所有6种能感染人的疟原虫,可鉴别是否为恶性疟原虫感染,检出低限达到0.1个虫/μL血,专门用作流行病学监测主动筛查检出低密度感染者即亚显微镜感染或无症状带虫者的分子诊断工具。