本发明公开了一种利用地中海富盐菌CRISPR‑Cas系统实现基因编辑及提高PHBV产量的方法。本发明基因编辑方法包括:向地中海富盐菌导入能表达靶向目的区域的crRNA表达盒(由PphaR启动子(SEQ ID No.1)、N个spacer序列(靶向所述目的区域)间隔的N+1个相同的repeat序列(SEQ ID No.2)和终止子组成)。有同源臂时,结合同源重组修复系统,可实现靶标精确编辑;增加crRNA数量可提高大片段删除效率。无同源臂时,依据Cas3效应蛋白双向切割特性及微同源末端修复系统,可实现基因组靶向位置周围非必需基因连续删除获得精简基因组。抑制同源重组修复系统,可提高基因组精简效率。