本发明涉及一种调控集胞藻生长速度的基因spkD的应用。调控集胞藻生长速度的基因spkD在提高集胞藻生长速度和/或提高光胁迫后恢复生长速度中的应用;所述基因spkD的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明首次公开了铜绿微囊藻PCC 7806的spkD基因在提高集胞藻生长速率的重要作用,构建的转基因集胞藻在正常培养条件下6天培养期内较野生型的比生长率平均提高13.97%,而在光限制胁迫后光恢复阶段(6天培养期)集胞藻spkD基因过量表达的突变株与野生型均表现出超补偿生长性能,超补偿生长阶段集胞藻突变株较野生型的比生长率平均提高7.13%。