本发明公开了一种小麦胚特异表达启动子及其应用。所述小麦胚特异表达启动子的核苷酸序列为如SEQ ID NO:1所示的序列。该启动子是通过设计引物以小麦品种中国春基因组DNA为模板,利用PCR方法从小麦中克隆得到的。该启动子启动GUS报告基因在小麦种子胚中特异性表达,说明该启动子可以启动目标基因在小麦胚中特异性表达。本发明开发了一个在小麦种子胚中特异表达的启动子,并通过转基因实验证明了该启动子在小麦种子胚中特异表达。本发明可应用于小麦基因功能的基础研究、改良性状或育种,具有巨大的科研及商业应用潜力。