本发明属于遗传生物学技术领域,具体涉及一种与山羊低氧适应相关的结构变异分子标记及应用。所述结构变异分子标记位于山羊第26号染色体第42098934位碱基处的245bp插入/缺失,具体为如SEQ ID No.1所示核苷酸序列的第98bp处的插入缺失,插入/缺失的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明还提供了用于检测该结构变异分子标记的特异性引物对和检测方法,所述特异性引物对的序列如SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示。本发明所述结构变异分子标记不受山羊年龄、性别等因素的限制,可用于山羊高原低氧适应性引种和品种选育。