本发明公开了一种辅助鉴定待测小麦抗旱性的方法及其专用的分子标记。以待测小麦的基因组DNA为模板,采用引物F和引物R组成的引物对进行PCR扩增,得到DNA片段;该DNA片段即为与小麦抗旱性相关的分子标记。分子标记具体可为DNA区段甲或DNA区段乙。引物F、引物R、DNA区段甲和DNA区段乙的核苷酸序列依次如SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:15所示。基因组中含有DNA区段乙且不含有DNA区段甲的小麦品种具有抗旱性。应用本发明提供的分子标记,能快速筛选出具有抗旱性的小麦品种,从而加速小麦品种的育种步伐。本发明具有重要的应用价值。