本发明属于生物技术领域,涉及一种与鸭黑色和褐色羽性状相关的分子标记及其应用;所述分子标记位于鸭基因组的11号染色体上,区间为Chr11:20696245‑20697373核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;所述分子标记位于所述区间的第157位点,突变碱基为A或G,利用本发明的分子标记及其应用,仅需要一个世代的检测,就可以使育种群在目标羽色性状(黑色、褐色)上达到100%纯合,避免后代再次产生羽毛性状分离,提升育种效率;在麻羽肉鸭新品种或新品系的培育过程中,可以雏鸭阶段快速准确的鉴别待测个体的目标羽色类型(黑色羽、褐色羽)及其基因型,从而进行早期剔除,降低育种成本,缩短育种周期。