本发明公开了一种控制苹果果实中柠檬酸含量的二羧酸转运体基因及其应用，涉及苹果分子遗传育种领域。控制苹果果实柠檬酸含量的二羧酸转运体基因MdTDT：基因序列如SEQ ID NO.1所示，基因编码的蛋白序列如SEQ ID NO.2所示。其应用是：通过转基因方法提高或降低该基因表达水平以获取期望的果实柠檬酸含量的性状。本发明具有下列优点和积极效果：①鉴定到的MdTDT基因是导致苹果果实中柠檬酸含量差异的关键基因；②利用CA1‑dCAPS分子标记能预测苹果果实中柠檬酸含量高低；③利用CA1‑dCAPS分子标记可以指导苹果的杂交育种，能提前进行筛选，节约育种时间，提高育种效率。
本发明公开了一种控制苹果果实山梨醇含量的糖转运体基因及其应用，涉及果树分子遗传育种技术。该糖转运体基因，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，其编码的蛋白质序列如SEQ ID NO.2所示；所述SNP位点的dCAPS分子标记，其上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，其下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。本发明针对控制苹果果实山梨醇含量性状的MdSOT2基因开发了1个dCAPS分子标记，利用这个标记指导苹果的杂交育种，能提前进行筛选，节约育种时间，提高育种效率；本发明找到的控制苹果果实山梨醇积累的关键基因MdSOT2可以在未来通过转基因技术或者杂交育种的方法来调控果实山梨醇的含量，将会为苹果新种质的创制提供重要的遗传资源。
