本发明涉及CsPR3基因及其在黄瓜抗枯萎病中的应用。本发明基于BSR‑seq法筛选到黄瓜抗枯萎病基因CsPR3,CsPR3基因启动子的核苷酸序列见SEQ ID NO:3。实验证明CsPR3在根部强优势表达,并且受枯萎病菌的诱导。菌株侵染CsRP3表达显著不同的黄瓜品系,CsPR3表达量高的品系抗枯萎病能力高,相反CsPR3表达量低的品系较易感染枯萎病。通过克隆抗枯萎病能力不同品系(3461和3229)的CsPR3基因,发现基因编码蛋白未发生改变。基因启动子区与HD‑ZIP III类型转录因子(CsHB15)的结合位点处发生突变。该基因的克隆及表达分析对黄瓜抗枯萎病基因资源的筛选提供了有力的技术支持。