本发明公开了一种与九孔鲍生长性状相关联的分子标记及其筛选方法和应用,该分子标记为SEQ ID NO.1所示基因序列。本发明还公开了用于检测上述分子标记的引物AMY‑FP和引物AMY‑RP,所述引物AMY‑FP为SEQ ID NO.2所示序列,引物AMY‑RP为SEQ ID NO.3所示序列。本发明的分子标记、引物、筛选方法获得的SNP位点应用于九孔鲍的选择育种。利用本发明所述引物和方法筛选亲本,其繁育的后代生长速率显著高于未筛选的对照组,该分子标记和引物可以高效、快速、简便地应用于九孔鲍的选择育种。