本发明提供一种马属隐孢子虫病的检测试剂盒及其检测方法。该试剂盒包括氨基酸序列为SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.6所示的6条多肽。该检测方法包括步骤：(1)用分离液分离待测样本，将分离好的细胞重悬于无血清培养基中；(2)向重悬后的细胞中加入氨基酸序列为SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.6所示的6条多肽进行共孵育，然后向共孵育的体系中加入高特异性鼠抗人IgG抗体进行抗原抗体反应；(3)对抗原抗体反应后的体系进行洗涤，再加入显色底物进行显色反应，计数反应生成的斑点数。本发明的试剂盒能够人工全序列合成，生产方便快捷，稳定性和特异性高，且试剂盒操作简便，极大地降低了成本。
