本发明公开一种角蛋白酶及其编码基因以及用于制备角蛋白水解物的应用,角蛋白酶是如下(a)或(b)所示的蛋白质:(a)由序列表SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列组成的蛋白质;(b)由序列表SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或插入得到的,具有角蛋白降解活性的蛋白质。所述角蛋白酶与酸性蛋白酶顺序分批使用,降解鸡毛、猪毛等废弃角蛋白,所制备的低分子量角蛋白水解物具有两个特征分子量分布,即:3‑6kDa与小于1kDa。利用本发明制备的角蛋白水解物具有更高的毛发结合稳定性,在温和表面活性剂存在条件下,不易从毛发表面洗脱。