本发明涉及生物技术领域,尤其是涉及一种mTOR抑制剂及其应用。所述mTOR抑制剂为ATP6AP1蛋白的C末端30个氨基酸中的第14、17、18位的天冬氨酸均突变为丙氨酸所获得,30个氨基酸的序列如SEQ ID NO:1所示。利用新型邻近标记技术筛选方法找到了ATP6AP1蛋白的C端片段(C tail)作为Rheb的鸟苷酸交换因子(GEF)可激活Rheb,在此基础上,将C末端30个氨基酸中第14、17、18位的天冬氨酸均突变为丙氨酸,获得新的mTOR抑制剂,该mTOR抑制剂可结合并阻断内源性ATP6AP1对Rheb的抑制,进而抑制mTORC1信号通路。