本发明提供了一种用于谷子杂交种长杂谷466种子纯度的InDel标记。InDel标记的引物对包括Re9106F引物和Re9106R引物,核苷酸序列如SEQ ID NO:1‑2所示。还提供了鉴定方法,该方法为:在谷子杂交种长杂谷466的苗期,提取待测谷子叶片基因组DNA,得到待测基因组DNA,用InDel标记的引物对进行PCR扩增,得到PCR产物,进行琼脂糖电泳,同时扩增出片段大小222bp和501bp的条带的为真杂种。本发明鉴定谷子杂交种长杂谷466的纯度,具有简单方便、高效稳定、省时省力等优点。