本发明提供了一种鉴定日本对虾耐低温性状的分子标记T3368及其应用。所述分子标记T3368核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,而用于检测该分子标记T3368的引物对的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。所述的分子标记T3368为SNP标记,其低温耐受型基因型为TC基因型。本发明提供的分子标记T3368可以不受日本对虾生长阶段的限制,明显加快日本对虾的选育进程并快速选育出具备耐受低温优良性状的日本对虾新品种,并且使用该分子标记T3368检测日本对虾耐低温性状准确可靠且操作简单,有利于日本对虾的健康养殖与发展,具有广阔的应用前景。