本发明涉及生物医学技术领域,旨在提供一种猪瘟病毒自组装蛋白纳米颗粒、制备方法及应用。是将目的抗原SP‑E2和自组装分子的基因通过杆状病毒表达系统融合表达,形成SP‑E2‑mi3融合蛋白;然后进一步通过纳米组装,形成自组装蛋白纳米颗粒;所述目的抗原SP‑E2和自组装分子的基因的编码序列如SEQ ID NO.1所示。本发明通过自组装分子基因融合CSFV E2,通过杆状病毒表达系统表达和纯化得到的融合蛋白,在体外可组装成SP‑E2‑mi3纳米颗粒。本发明用于疫苗制备时,较常规的亚单位疫苗免疫原性强,可通过鉴别诊断能够区分感染及免疫动物,能够从根本上净化猪瘟病毒。