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[发明专利]基于单细胞Hi-C数据的细胞周期预测方法及系统-CN202310404901.6在审
发明人：吴昊;周详斐;吴应福;史振岐 -专利权人：山东大学
申请日： 2023-04-11 - 公布日： 2023-07-21 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明提出了基于单细胞Hi‑C数据的细胞周期预测方法及系统，涉及细胞周期预测领域，具体方案包括：对待预测单细胞的Hi‑C数据进行预处理，得到染色体接触矩阵；基于待预测单细胞的相互作用信息和染色体接触矩阵，提取单细胞染色体三维结构特征，得到不同尺度的三个特征集：接触概率分布与基因组距离特征集、Bin接触概率特征集和小域内接触概率特征集；将提取的三个特征集输入到训练好的融合预测模型中，进行卷积和特征融合，生成并输出最终的细胞周期预测结果；本发明新提出两种特征集，并构建融合预测模型，独立预测单个细胞所属的细胞周期，解决预测不准确、性能低的问题。
基于单细胞 hi 数据细胞周期预测方法系统

[发明专利]一种基于接触数权重平滑和特征融合的单细胞Hi-C聚类方法及系统-CN202211243731.X在审
发明人：吴昊;史振岐;周详斐 -专利权人：山东大学
申请日： 2022-10-11 - 公布日： 2023-01-31 - 主分类号： G06F18/23 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于接触数权重平滑和特征融合的单细胞Hi‑C聚类方法及系统，包括：(1)数据预处理；(2)基于接触数权重的平滑；使用权重矩阵来量化不同邻居片段对目标染色体片段的影响；(3)重启随机游走平滑；使用重启随机游走算法对基于接触数权重的平滑处理后的染色体接触矩阵进行平滑处理；(4)接触二值化；(5)主成分提取；使用KPCA进行降维并生成细胞嵌入；(6)特征融合；(7)谱聚类；使用谱聚类算法实现细胞聚类。本发明提出的针对单细胞Hi‑C聚类方法性能明显优于现有的聚类方法，大幅提高了处理大规模单细胞Hi‑C数据集时的聚类效果，并且可以识别出数据集中细胞数量较少的细胞类型。
一种基于接触权重平滑特征融合单细胞 hi 方法系统