提供了一种蛋鸡全基因组SNP芯片及其应用,该芯片上的SNP位点分别源于中国主要蛋鸡各品系共有的14624个SNP位点;与蛋鸡抗病性状相关的3677个SNP位点;与蛋鸡经济性状相关联的1.6万个SNP位点;弥补前述探针未覆盖的基因组区域的9358个SNP位点。该蛋鸡全基因组SNP芯片上的43681个SNP具有SEQ ID NO.1‑43681所示的DNA序列,该芯片可以特异性地鉴定商业化蛋鸡与地方品种蛋鸡的亲缘关系,还可以进行全基因组关联分析、全基因组选择育种,以及目标性状QTL定位分析和群体遗传学分析等应用。