本发明公开了一种存储服务器PCIE卡故障修复方法、系统及计算机设备,方法包括:接收CPLD发送的PCIE卡接入系统信号,所述PCIE卡接入系统信号由所述CPLD监测到PCIE卡power good信号后发出;基于所述PC I E卡接入系统信号获取PCIE链路状态;若所述PC I E链路状态为异常,则对主机发起重训练并获取重训练的修复结果信息;若所述修复结果信息包括重试失败指示信号,则发送链路修复失败信号至所述CPLD;接收所述CPLD根据所述链路修复失败信号发起的硬件修复命令并根据所述硬件修复命令执行硬件修复操作;通过PCIE卡自身完成PCIE链路的状态检测,以及软硬件组合修复修复,整个过程不依赖BIOS,可有效避免传统BIOS修复造成的系统启动时间延长等问题。