一种区分叶用紫叶芥菜和绿叶芥菜的分子标记及区分方法与应用,本发明属于植物分子标记育种领域,具体涉及到一种芥菜紫色叶片紧密连锁的分子标记的开发和利用。本发明首先对控制紫叶芥菜叶色的基因片段进行扩增并与绿叶芥菜中的基因序列进行序列比对(其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1到NO:2所示),分别在基因序列保守和绿叶芥菜中特异插入的核苷酸序列设计引物,开发用于区分紫叶芥菜和绿叶芥菜特异的SCAR分子标记。利用紫叶芥菜和绿叶芥菜自交系对这两对SCAR标记进行验证。本发明设计和开发了芥菜不同叶色特异的SCAR标记,在芥菜杂交育种中其应用不但可以鉴定不同芥菜叶色材料的基因型。还能用于鉴定种子纯度,提高育种效率。