本发明公开了一种抗黑条矮缩病水稻品系WLJ1‑US6‑10‑5的检测方法,属于生物技术领域。本发明是利用转化体WLJ1‑US6‑10‑5中含外源基因S6RNAi的T‑DNA表达框在水稻染色体上插入片段序列和插入片段RB端旁侧特异序列SEQ ID NO:1,并基于SEQ ID NO:1序列,建立的特异性PCR扩增鉴定技术。PCR所用正向载体引物10‑5‑1依据SEQ ID NO:1中1‑1000位序列设计,反向基因组引物10‑5‑1依据SEQ ID NO:1中1001‑1500位序列设计,正向基因组引物10‑5‑3依据T‑DNA插入位置上游560bp处设计;根据是否扩增得到10‑5‑1 10‑5‑2引物组合J、10‑5‑3 10‑5‑2引物组合K的目标片段判断株系中是否含外源S6RNAi基因,该PCR方法可作为鉴定转基因水稻品系WLJ1‑US6‑10‑5及该品系的衍生系的有效手段。