一种鉴定美洲莲基因型的特异性分子标记及检测方法,其为一段位于荷花AP3基因上长度86bp的核苷酸序列,美洲莲中缺失该段序列,其具体核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,以此为基础设计引物,对待测样品进行PCR扩增,回收856bp大小的条带,连接培养后进行测序,分析测序结果:如果AP3基因出现86bp缺失区域,说明是纯合型美洲莲;如果出现既有正常的,又有86bp缺失的区域,说明是杂合型美洲莲;如果仅出现正常的没有缺失86bp的区域,说明是亚洲莲,而不是美洲莲。该方法检测方便准确,可以在莲子和幼苗期就可以进行早期鉴定,在荷花杂交育种产业中具有极大的推广应用价值。