本发明提供了一种检测柑橘黄龙病菌的方法,属于基因工程技术领域。本发明提供的检测柑橘黄龙病菌的方法,包括如下步骤:以氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示的蛋白作为抗原,获得相应多克隆抗体,提取待测样本的蛋白,将待测样本的蛋白结合至固相载体上,利用所述多克隆抗体对固相载体上的蛋白进行检测,若是出现25kDa条带,则表明为HflC蛋白。本发明提供的方法能够进行活体柑橘黄龙病菌的检测,而且能够特异检测柑橘黄龙病菌HflC蛋白,可用于检测感染黄龙病菌柑橘组织中HflC蛋白的积累,也可用于检测HflC蛋白在转基因植物中的积累情况。