本发明涉及一种能够在大豆种子特异表达的GmGy5的启动子GmGy5P及其应用。本发明启动子GmGy5P的核苷酸序列包括如下几种核苷酸序列之一:1)序列表中SEQ ID NO:1所示序列;2)与序列表中SEQ ID NO.1所示序列具有90%以上同源性的序列;3)在高严谨条件下可与序列表中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列杂交的核苷酸序列。该启动子GmGy5P可以驱动外源基因在植物种子中的表达。该序列可以驱动目的基因在大豆种子中特异表达,能够用于通过基因工程手段改良大豆种子品质,以大豆种子颜色作为筛选标记应用于进行大豆智能核不育系的创制,以及进行大豆分子设计育种等。