本发明公开了三叶青ThF3’5’H基因及其应用，该基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明利用转录组测序技术先检测不同功能状态下三叶青基因的差异表达，确定候选基因，然后通过3’‑RACE和5’‑RACE技术克隆该基因全长，再通过基因和氨基酸序列公用数据库中来同源比对发现基因功能分类，最后通过基因转化拟南芥，检测转基因拟南芥代谢物的变化确定该基因的功能，发现三叶青ThF3’5’H基因能够提高拟南芥植株的黄酮类代谢物山奈酚‑3‑O‑芸香苷和异鼠李素‑3‑O‑β‑D‑芸香糖苷的含量，为后续提高拟南芥植株抗菌性的研究提供了依据。
