本发明公开了玉米穗位高相关的ZmRzf基因SNP分子标记及应用,属于作物遗传育种分子标记应用技术领域,本发明具体涉及玉米第8号染色体上3个与穗位高性状相关的ZmRzf基因的SNP分子标记及应用,三个标记分别位于Chr8:156959358、Chr8:156959642和Chr8:156959657位置。该SNP分子标记是从玉米自交系群体的全基因组关联分析中得到,其核苷酸序列分别如:SEQ ID N01和SEQ ID N02所示,本发明的SNP标记可用于育种过程中玉米穗位高性状的辅助选择,能提高选择的准确性,加快品种选育的过程。