本发明提供了一种水稻抗穗发芽相关基因SD6的SNP分子标记引物，所述水稻抗穗发芽相关基因SD6的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述SNP分子标记位于SD6基因编码区第1857bp处的核苷酸单碱基突变T/C；所述SD6基因的SNP分子标记引物是由特异性引物和非特异性引物组成的引物组，核苷酸序列如SEQ ID NO.2‑5所示。本发明还提供了一种利用所述SNP分子标记引物进行水稻抗穗发芽基因SD6的基因型检测的方法，该方法可以快速、准确、低成本、高通量地检测水稻SD6基因的休眠基因型。本发明的水稻抗穗发芽相关基因SD6的SNP分子标记引物可用于鉴定抗穗发芽水稻植株，对抗穗发芽水稻育种、种质资源的筛选具有实际指导意义。
本发明公开了水稻黑色种皮调控基因Ra的分子标记引物及其应用，本发明方案属于植物生物技术领域，提供了对水稻黑色种皮起决定作用的Ra基因进行基因分型的功能性标记的方案，所述分子标记引物包括一对外引物ZiA‑1‑Ra‑OW、ZiA‑1‑Ra‑OB和一对内引物ZiA‑1‑Ra‑IB、ZiA‑1‑Ra‑IW，一对外引物和一对内引物的引物序列如SEQ ID NO：1～4所示；本方案分子标记引物通过PCR扩增，即可对水稻苗期Ra基因进行分型；其具有功能性标记扩增效率高的优点，且不同等位基因型所扩增的条带差异明显，利用该分子标记引物可以实现对水稻苗期黑色种皮性状的精确跟踪，提高水稻黑米品种的选育效率。
