本发明公开了一种拮抗柑橘绿霉病致病菌指状青霉的海洋微生物及其筛选方法与应用,具体地是从海洋淤泥中筛选到一株对指状青霉具有较好拮抗作用的解淀粉芽孢杆菌HY 2‑1(Bacillus amyloliquefaciens HY 2‑1),该菌株分离自广东省湛江市北部湾海域的海底淤泥,源于生境相对特殊的海洋环境,其生长特性表现出良好的盐耐受性;该菌株可产表面活性素和丰原素等脂肽类活性化合物;该菌株发酵上清液对指状青霉具有明显的拮抗作用,而且能够有效降低柑橘的失重率和腐烂率,减缓柑橘中可溶性固形物、可滴定酸、抗坏血酸、总糖的分解,从而减缓柑橘果实营养的流失。可见该菌株不仅可以丰富柑橘绿霉病拮抗微生物资源的来源,也可为开发成柑橘保鲜剂奠定基础。