本发明涉及一种真菌丝氨酸蛋白酶,所述酶具有丝氨酸蛋白酶活性并具有在SEQ ID No:18中定义的畸枝霉属ALKO4122成熟蛋白酶的氨基酸序列或与SEQ ID No:18的氨基酸序列具有至少66%的一致性的氨基酸序列。一种分离的核酸分子也被公开,其包含编码真菌丝氨酸蛋白酶的多核苷酸序列、编码所述蛋白酶的核酸序列、宿主细胞以及生产具有丝氨酸蛋白酶活性的多肽的方法。所述蛋白酶作为酶制剂可在去垢剂组合物中和在处理纤维、毛、发、皮革或丝、对于处理食品或饲料,或者在任何涉及蛋白质材料的修饰、降解或去除中使用。