本发明涉及一种新生重组启动子及其应用。具体地,人体内天然酰基辅酶A:胆固醇酰基转移酶1(ACAT1)基因的转录本能够与来自于外源重组载体的氨苄青霉素抗性基因的转录本(rAmp)发生反式剪接,从而形成一种新转录本及其翻译产物,这种rAmp的表达是由一种新生重组启动子转录的,所述启动子为外源重组载体中不同元件或DNA组分以一定顺序方向重组而新生的,所述启动子为如SEQ ID NO.:1所示的核苷酸序列,或者选自该序列的连续的活性片段。该启动子具有转录多种外源DNA片段的特异性表达的活性,并且启动子活性与高活性的SV40启动子活性相近。