本发明公开了一种与棉花纤维长度相关的分子标记及其应用,属于棉花遗传育种技术领域。所述分子标记位于棉花基因组第16号染色体,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,包括突变位点SNP 1;所述SNP 1为chr16_41836768AG。本发明发现该位点与棉花纤维长度相关,并通过试验验证了,AA基因型个体纤维长度显著高于GG型个体(p0.05),为优势基因型。本发明提供的分子标记可以准确的鉴定棉花纤维长度性状,有利于培育纤维品质较好的棉花个体,剔除纤维品质较差的个体,提高棉花的纤维品质,从而为优质棉花的选育提供科学依据。